16岁男生和16岁女生自愿发生关系不违法。依据我国法律，满十四周岁的未成年人自愿发生性关系不构成犯罪。《刑法》等相关法律对强奸罪有明确规定，但此情况不适用。若不及时处理怀孕问题，可能对女生身心健康造成严重影响。
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不违法，但需负责。具体操作：1.双方应首先确认女生怀孕情况，并尽快告知家长。2.协商是否继续妊娠，如决定流产，需选择正规医疗机构。3.考虑女生身心健康，提供必要支持和陪伴。4.如需保留孩子，应规划未来生活，包括经济、教育等方面。
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此情况法律上不违法，但建议双方协商处理。处理方式包括：协商是否保留孩子、寻求家长帮助、考虑女生身体情况选择是否流产等。应根据双方实际情况和意愿，选择合适且负责的处理方式。