应向实际工作的公司发离职通知书。因为《劳动合同法》规定，用人单位应与劳动者签订劳动合同，并按合同履行义务。若合同与实际工作公司不符，实际工作的公司视为用人单位，应向其发出通知。不及时处理可能导致劳动关系混乱，影响权益保护。
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应向实际工作公司发通知。操作如下：1.书写离职通知书，明确离职意向并注明实际工作公司；2.保留好劳动合同、工作证明等证据；3.如合同公司提出质疑，与其沟通协商；4.若协商无果，可寻求劳动仲裁或法律援助。
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常见的处理方式为向实际工作公司发通知书，并保留证据。若合同公司提出异议，可与其协商解决；协商不成，可考虑法律途径。选择时需考虑实际工作情况、合同约定及自身权益。